Rund 1.4 % der Fläche der Stadt Illnau-Effretikon steht unter Naturschutz. Diese Naturschutzgebiete bilden Lebensraum für spezifische Pflanzen und Tiere. Bei der Bewirtschaftung dieser Refugien sind den Bedürfnissen von Flora und Fauna in höchstem Masse Rechnung zu tragen. Der Kanton Zürich entschädigt die Bewirtschaftenden für deren Arbeiten – meistens sind dies lokale Bauernbetriebe.

Am bedeutendsten sind die beiden Feuchtgebiete Wildert und Oermis. Sie sind wegen ihrer ausserordentlichen Vielfalt an Pflanzen und Tieren sogar von nationaler Bedeutung. Die Feuchtgebiete sind nach der letzten Eiszeit vor 12’000 Jahren entstanden, als sie zunächst als Seen in der Landschaft zurückblieben. Mit der Zeit verlandeten sie und wurden so zu Moorgebieten. Die heutigen Seen entstanden durch den Abbau von Torf, der vor allem im Zweiten Weltkrieg als Brennmaterial verwendet wurde. Wildert und Oermis stehen heute weitgehend im Besitz von Pro Natura Zürich und sind durch attraktive Wege erschlossen.

Durch die Eingemeindung der ehemaligen politischen Gemeinde Kyburg im Jahr 2016 befinden sich nun fünf weitere kantonal geschützte Gebiete auf dem Stadtgebiet:

• Riedwiesen und Stauweiher Talmaz
  Sie bilden den obersten Abschnitt des Weges «Industriegeschichte und Natur im Kempttal».
• Hinterbergried
  Das Gebiet liegt in Richtung Tagelswangen in der Nähe der Autobahn. Dank  Lärmschutzwänden wird es wenig vom Verkehrslärm berührt. Ruhebänke laden zum Verweilen ein.
• zwei unbenannte Riede
  Sie liegen am Hang Richtung First und liegen wie Perlen im Wald. Da die Gebiete nicht durch Wege erschlossen sind, können sie nur von den seitlichen Forststrassen erblickt werden.
• ehemalige Kiesgrube «Bogen»
  Unvermutet an der Grenze zu Fehraltorf liegt etwas versteckt ein ehemaliges Kiesabbaugebiet. Heute bietet es besonders Fröschen, harmlosen Wildbienen und andere Insekten ein Zuhause.
• Waldried Zehntenholz
  Das wunderschön und ruhig gelegene Waldried Zehntenholz umschliesst ebenso den sogenannten «Entenweiher».
• Hangriede Chueweid
  Die Hangriede erstrecken sich zwischen Weisslingen und Kollbrunn.
• Grundwassertümpel Weiheracher
  Der Tümpel beherbergt die seltenen Gelbbauchunken und Geburtshelferkröten.
• Magerwiese Rostel
  Die Magerwiese erstreckt sich neben der Strasse von Kollbrunn nach Brünggen.
• Schlosshalde
  Die steile Schlosshalde mit ihrem lichten, trockenen Wald, ist Lebensraum seltener Pflanzen.
   

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